Wednesday 6 July 2011

METODE ESTIMASI DIVERSITAS GENETIK TANAMAN


Diversitas genetik dapat diestimasi berdasarkan data fenotipik dan genetik tanaman. Secara umum suatu varietas tertentu dapat diidentifikasi berdasarkan sifat-sifat morfologi dan agronomis tanaman. Akan tetapi, terdapat beberapa kekurangan dalam penggunaan metode ini. Varietas-varietas yang berasal dari galur-galur berkerabat dekat seringkali memperlihatkan karakteristik yang sama, bahkan pada kondisi yang spesifik pun kadang-kadang penampilannya sama. Masalah lainnya yaitu sering dijumpai varietas-varietas lain dengan nama yang sama tetapi mungkin berbeda dan bahkan tidak berkerabat tetapi secara fenotipik sukar untuk dibedakan. Oleh karena itu, dikembangkan metode berdasarkan marka molekular untuk mengatasi kekurangan metode fenotipik.
Metode estimasi diversitas genetik melalui teknik marka molekular dilakukan dengan cara mengidentifikasi tanaman atas dasar keberadaan sekuens DNA spesifik atau perbedaan kombinasi sekuens antar individu tanaman. Identifikasi ini tidak selalu memerlukan DNA sequencing, tetapi juga dapat menggunakan hibridisasi DNA atau PCR. Sampai saat ini telah dikembangkan berbagai macam teknik marka molekular, antara lain :
  1. RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism)
  2. RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)
  3. AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism)
  4. RAMP (Randomly Amplified Microsatellite Polymorphism)
  5. DarT (Diversity Array Technology)
  6. IRAP (Inter Retrotransposons Amplified polymorphism)
  7. STMS (Sequenced Tagged Microsatellite Site)
  8. SSAP (Sequence-Spesific Amplified Polymorphic)
  9. VNTR (Variable Number of Tandem Repeat Loci)
  10. EST (Expressed Sequence Tag)
  11. SSR (Simple Sequence Repeat)
  12. SNP (Single Nucleotide Polymorphism), dll.


Setiap metode mempunyai kelebihan dan kekurangannya masing-masing. Tidak ada metode yang paling baik untuk semua kasus. Selain itu, sifat dari sampel yang digunakan juga mempengaruhi teknik yang akan digunakan. Dari sekian banyak metode yang ada, terdapat beberapa metode yang popular digunakan, yaitu RFLP, RAPD, AFLP, SSR, dan SNP. Metode-metode ini telah banyak digunakan para peneliti di seluruh dunia untuk mengetahui keragaman genetik pada tanaman. 

4 comments: